蛋白酶K(Proteinase K)，来源于林伯氏白色念球菌 Tritirachium album Limber）的蛋白酶K基因，属于丝氨酸蛋白酶类。蛋白酶K具有极高的酶活性和广泛的底物特异性，能优先分解与疏水性氨基酸、含硫氨基酸、芳香族氨基酸C末端邻接的酯键和肽键。在pH4.0到pH12.0均有 活性，最适pH在7.5-8.0之间，最适温度在50-55℃之间。在0.2-1%SDS或者10mM尿素存在 下，蛋白酶K显示出更高的活力，而在常用浓度的EDTA，Triton X-100，盐酸胍存在下均对蛋白酶K活力影响不大。

随着人类对疾病的认识逐步深入到基因层面，以及基因检测技术的进步，通过对各种DNA和/或RNA样本的病原性突变的检测来实现对疾病的检测和诊断。蛋白酶K主要在DNA、RNA 提取 过程中抑制核酸酶和原位杂交中起着重要的作用。另外，蛋白酶K可替代 DEPC 处理 RNA 抽提用的离心管和枪头,实现灭活 RNase A 的目的,也用于处理 RNase-Free的水，为脉冲电场凝胶电泳、RT-PCR等准备无DNase、RNase的样品，提取组织中非蛋白成份时降解含有蛋白质的杂质用途（例如DNA疫苗和肝素的制备）等。

SUMO 蛋白酶（也称为 ULp）是酿酒酵母中 ULP1（UbL 特异性蛋白酶 1）的重组片段。其对 SUMO 蛋白融合具有高度特异性，识别 SUMO 的三级结构而不是氨基酸序列。SUMO 蛋白酶特点：

重组TEV蛋白酶是经过基因工程改造后表达和纯化后获得的，TEV蛋白酶特异性的识别Glu-Asn-Leu-Tyr-Phe-Gly/Ser组成的七个氨基酸序列,并在 Gln 和 Gly/Ser 之间切割。与EK、SUMO 等蛋白酶相比，具有高活性和高特异性的特点，TEV蛋白酶经 6×His 标签纯化获得(含组胺酸标签)，其纯度高达99％；该酶剪切反应完成后，可通过His标签纯化树脂Ni-NTA Resin去除，从而达到纯化目的蛋白的目的。在4-30℃、pH 6.0-8.5反应条件下均具有活性，相对反应条件比较宽松,主要用于融合蛋白标签去除。本蛋白来源为大肠杆菌重组表达。

HRV 3C蛋白酶是一种用来切除融合蛋白上亲和标签的常用工具酶。识别Leu-Glu-Val-Leu-Phe-Gln↓-Gly-Pro的切割位点的半胱氨酸蛋白酶，具有组氨酸标签，易于通过Ni-NTA树脂去除。

用来切除融合蛋白上亲和标签的常用工具酶，识别五个氨基酸序列DDDDK↓的蛋白酶，酶切后不残留多余的氨基酸。

Caspase-2是特异性切割酶，参与负责凋亡执行的半胱天冬酶的激活级联。可能通过激活细胞死亡所需的蛋白质或使细胞存活所需的蛋白质失活来发挥作用。切割位点是目标蛋白(POI)的N端残基;可以在15min内完成85-90%的切割。